论著
赵源 胡忠义 景奉香 刘志辉 王洁 郑瑞娟 陆俊梅 赵辉 尹俊
2007, 2(6): 422-422-427.
目的 利用显色法芯片技术建立快速鉴定分枝杆菌菌种的方法。
方法 根据美国国家生物技术信息中心(NCBI)提供的分枝杆菌 16S rDNA 基因的保守区和突变区(第 129 ~ 267 位核苷酸的 A 突变区、第 430 ~ 500 位核苷酸的 B 突变区)分别设计引物和寡核苷酸探针,用地高辛标记引物并制备玻璃芯片。采用双重 PCR 技术分别对 16 种分枝杆菌标准株、5 种非分枝杆菌标准株和 120 株分枝杆菌临床分离株(非结核分枝杆菌 40 株、结核分枝杆菌复合群 80 株)进行扩增,扩增产物分别与玻璃芯片进行杂交检测,尼龙膜显色,以显现蓝黑色斑点作为阳性信号,并根据其在芯片方阵中的位置判断分枝杆菌种类。根据芯片杂交结果,选取部分经显色法芯片技术检测的临床分离株进行 DNA 测序。
结果 16 种分枝杆菌标准株和 120 株分枝杆菌临床分离株经 PCR 扩增均各产生 2 条 DNA 片段,其中 1 条长度为 272 ~ 280 bp,1 条长度为 183 ~ 192 bp。16 种分枝杆菌标准株均与芯片上特异性探针杂交,应用显色法芯片技术分析 16 种分枝杆菌标准株和 5 种非分枝杆菌标准株的特异性为 100%。120 株分枝杆菌临床分离株均与分枝杆菌属探针 a 杂交,其中 79 株确定为结核分枝杆菌复合群,38 株确定为非结核分枝杆菌(不产色分枝杆菌 17 株,胞内分枝杆菌 8 株,猿猴分支杆菌 6 株,瘰疬分枝杆菌 5 株,偶然分支杆菌 2 株),另 3 株只与分枝杆菌属探针 a 杂交,没有鉴定到种。选取的 26 株分枝杆菌临床分离株(结核分枝杆菌复合群 8 株,不产色分枝杆菌 5 株,胞内分枝杆菌、猿猴分枝杆菌、未鉴定到种的分枝杆菌各 3 株,瘰疬分枝杆菌、偶然分枝杆菌各 2 株)DNA 测序显示,未鉴定到种的 3 株分枝杆菌中,1 株为结核分枝杆菌突变株,1 株为 Mycobacterium lentiflavum,1 株为 Mycobacterium arupense,芯片上无后 2 种菌株的特异性探针;其余 23 株菌株测序结果与芯片检测结果一致。
结论 显色法芯片技术能简便、快速、灵敏、特异地将大多数分枝杆菌鉴定到种,具有一定的临床推广应用价值。